别墅违建哪个部门负责

别墅违建的管理和处理由多个部门根据职责分工负责。以下从不同情况为你详细说明：
1. 如果别墅违建涉及土地使用违法，如未取得合法土地使用权或非法占用土地，由县级以上人民政府自然资源主管部门负责查处。该部门会依据《土地管理法》等相关规定，责令退还非法占用的土地，视情况限期拆除、恢复原状或没收建筑物等。
2. 若别墅违建违反城乡规划，即未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门（通常为规划局）负责处理。其可责令停止建设、限期改正、罚款，或在无法消除影响时限期拆除。
3. 在城市建成区内，部分地区的城市管理综合行政执法部门（城管部门）根据授权，也可对别墅违建行使查处权，具体职责范围需参照当地的行政执法权限划分规定。
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针对别墅违建哪个部门负责这一问题，可依据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定来明确责任部门。
根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条（2020年1月1日起施行）：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地……”。若别墅违建存在非法占用土地的情形，比如未取得土地使用权证就擅自建设，县级以上人民政府自然资源主管部门对该别墅违建负有查处责任。

同时，《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条（最新版）规定：“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设……”。当别墅的建设未取得建设工程规划许可证，或者虽取得但未按许可内容建设时，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责对该别墅违建进行处理。综上，别墅违建的负责部门需根据其违法情形，由自然资源主管部门或城乡规划主管部门承担相应查处职责。